Hija de Enrique II de Navarra y de Margarita de Angulema. Casó con Antonio
de Borbón en 1548 de quien tuvo al futuro Enrique IV de Francia. Por
este enlace las flores de lis de los borbones se unieron al escudo de Navarra
y por esta vía iban a llegar al de Francia primero y al de España
luego.
En 1553 muere Enrique II de Navarra. Juana III hereda Navarra de ultrapuertos,
Zuberoa, Bearne, etc, teniendo que librar su pequeño reino de la codicia
hispano-franca.
En 1560 abjuró solemnemente de la religión católica
abrazando el calvinismo. Deseosa de conocer la nueva doctrina invita a Joanes
Leizarraga a que traduzca la Biblia llamada Vulgata y algunos oficios
calvinistas al euskera.
Estableció el calvinismo en sus posesiones en 1567.